เปิดให้บริการครั้งแรกในวันที่ 2 พ.ค. 2553 ตั้งอยู่บนเลขที่ 65/19 หมู่ที่ 7 ต.ไผ่ลิง อ.พระนครศรีอยุธยา ใกลัปางช้างอยุธยา และวัดมเหยงค์ มีบริเวณพื้นที่ทั้งหมดกว่า 80 ไร่ โดยส่วนที่เป็นน้ำจะอยู่กึ่งกลาง และล้อมรอบด้วยพื้นที่บก แบ่งเป็น 16 โซน ตามชื่ออำเภอต่างๆ ทั้ง 16 อำเภอในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ประกอบไปด้วย
ตลาดน้ำอโยธยามีร้านค้ามากถึง 249 ร้าน ประกอบด้วยเรือสินค้าขายอาหารจำนวน 50 ลำ ตลาดนัดชุมชนวิถีไทยอีกกว่า 40 ร้าน และร้านค้าบริเวณเรือนไทยอีก 159 ร้าน มีสะพานเดินริมแม่น้ำเพื่อให้นักท่องเที่ยวได้เลือกซื้อสินค้าจากลุ่มชาวบ้าน ต่างอำเภอหรือสินค้า OTOP มากมายหลากหลายชนิด
ตลาดน้ำอโยธยา เป็นสถานที่ท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมไทย ตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ทั้งในด้านการแต่งกาย ด้านสถาปัตยกรรมที่งดงามทรงคุณค่า และยังคงไว้ซึ่งเอกลักษณ์ ขนบธรรมเนียมประเพณี การละเล่น การแสดงพื้นบ้าน ของกินของใช้ยุคเก่า รวมถึงวิถีชีวิตความเป็นอยู่อย่างไทยๆ ที่เรียบง่าย โดยเปิดให้บริการทุกวันไม่เว้นวันหยุดราชการ ตั้งแต่เวลา 09.00 น. ถึงเวลา 19.00 น.
จากการที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เมืองมรดกโลก ซึ่งเป็นอดีตราชธานีของไทย และเป็นจังหวัดที่มีประวัติศาสตร์ความเป็นมาที่ยาวนาน ที่รวบรวมแหล่งโบราณคดี วัฒนธรรมอันเก่าแก่ โดยมีร่องรอยของที่ตั้งเมือง โบราณสถาน โบราณวัตถุ และวัดสำคัญต่างๆ คณะผู้บริหารจึงมีแนวคิดบริหารพื้นที่ภายในจังหวัด ให้เป็นสถานที่ท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์วัฒนธรรมไทยที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ภายใต้ชื่อ ตลาดน้ำอโยธยา ตลาดน้ำอโยธยา มีพื้นที่ประมาณกว่า 80 ไร่ นับเป็นสถานที่ท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์วัฒนธรรมไทย ก่อตั้งขึ้นเพื่อวัตถุประสงค์ที่จะทำให้สถานที่แห่งนี้ เป็นสถานที่ท่องเที่ยวใจกลางเมือง สะท้อนถึงวิถีชีวิตความเป็นอยู่แบบไทยในสมัยกรุงศรีอยุธยา ทั้งด้านการแต่งกาย การแสดงพื้นบ้าน การละเล่น ของกินของใช้ในยุคเก่า ความเป็นอยู่แบบไทยๆ ที่เรียบง่าย ขนบธรรมเนียมประเพณีต่างๆ ตลอดจนสถาปัตยกรรมที่คงความงดงามเป็นเอกลักษณ์ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ที่จะสามารถสะท้อนถึงความเป็นเมืองกรุงเก่าได้เป็นอย่างดี และเพื่อเป็นจุดศูนย์รวมนักท่องเที่ยวของชาวไทย และชาวต่างชาติ ที่จะเพลิดเพลินไปกับบรรยากาศ และทัศนียภาพอันงดงามตามแบบฉบับของความเป็นไทย นักท่องเที่ยวสามารถเดินชมตลาด เพื่อชิมอาหาร เลือกซื้อของกินของใช้กลับไปเป็นของฝากจากร้านค้าที่ตั้งอยู่เรียงรายภายในเรือนไทยอันงดงามรอบตลาดน้ำ